A celebração do dia 29 de junho, em louvor aos apóstolos e mártires São Pedro e São Paulo - fundadores da Igreja primitiva -, é uma das festas universais da Igreja mais solenes e mais antigas, introduzida na liturgia no século III, muito antes da festa do Natal.
Na Bahia, a devoção a São Pedro também é antiga. Na primeira metade do século XVI, já existia uma primitiva capela sob a invocação de São Pedro, tendo sido construída por ordem do primeiro bispo do Brasil, D. Pero Fernandes Sardinha, em 1554, no local onde hoje se encontra o Forte de São Pedro, pertencente a particulares.
Em 1679, foi criada a "Freguezia de São Pedro" (antigo nome de Paróquia), pelo primeiro Arcebispo de Salvador, Dom Gaspar Barata de Mendonça. Havendo a necessidade de se construir uma Matriz para a Paróquia, em 1691, foi iniciada as negociações para que o rei de Portugal ajudasse. Em dezembro de 1692, uma carta-régia ordenava que fosse cedido ao rei de Portugal, D. Pedro II, "o padroado e direito livre da Igreja" e se providenciasse a construção de uma nova igreja, a cargo da Fazenda Real, que serviria de matriz para recém-criada “Freguezia de São Pedro”.
A Igreja Matriz foi construída próxima ao Mosteiro de São Bento, no largo que passou a se chamar de São Pedro, (Calçadão do Relógio de São Pedro). Segundo a tradição, uma pequena imagem foi levada para a matriz até que foi substituída pela atual, no final do século XVIII (1785). A antiga capela no Campo Grande de São Pedro foi demolida em 1723.
No início, a Paróquia era chamada de São Pedro Velho Extramuros, por ficar fora dos muros da cidade. No Início do século XIX, já era bastante habitada - por senhores de engenho que possuíam casa na capital, profissionais liberais e funcionários públicos. Na metade do século XIX, São Pedro deixa de ser um bairro estritamente residencial, dando lugar também a um florescente e próspero comércio.
Em 1912, o governador José Joaquim Seabra desapropriou a igreja para, em seu lugar, construir a Praça Barão do Rio Branco e abrir a Avenida Sete de Setembro.
Sob protestos dos paroquianos e devotos, a igreja começou a ser demolida em maio de 1913. A construção do novo templo começou em junho de 1916, num terreno situado na esquina da Praça da Piedade com a Avenida Sete, com inauguração em 2 de dezembro de 1917.
Atualmente, a Paróquia de São Pedro abrange os bairros e localidades: Dois de Julho, Lapa, Barris, Politeama, Barroquinha (em parte), São Bento, São Pedro, Piedade, Rua Carlos Gomes, Av. Sete de Setembro, da Praça Castro Alves até o Largo da Aclamação no Campo Grande.